Son órganos reitores da Confraría: a Xunta Xeral, o Cabildo e o Patrón Maior.

A Xunta Xeral é o órgano superior de goberno e decisión da Confraría, na que están representados todos os profesionais do sector afiliados. Actúa como órgano de control e fiscalización dos restantes órganos reitores da Confraría.

O Cabildo é o órgano de goberno, xestión e administración da Confraría. Está formado polo Patrón Maior, o Secretario e os vogais, dos cales dous serán obrigatoriamente os vicepatrones 1º e 2º.

O Patrón Maior é o representante da Confraría. Preside a Xunta Xeral e o Cabildo. Será elixido pola Xunta Xeral de entre os seus membros.

As eleccións para a constitución ou renovación dos órganos da Confraría de Pescadores de Ferrol realízanse cada catro anos e réxense polo establecido no DECRETO 8/2014, do 16 de xaneiro, polo que se regulan as confrarías de pescadores de Galicia e as súas federacións, así como polos Estatutos da propia Confraría.

As últimas eleccións realizáronse en 2022, resultando elixida a seguinte directiva:

• Patrón Maior: Roberto Cabral Barra
• Vice Patrón Primero: Anjo Feijoo Giralda
• Vice Patrón Segundo: José Miguel Sotelo Ulbeira
• Secretario: José Ramón Acuña Abalde
• Cabildo: Roberto Cabral Barra, Anjo Feijoo Giralda, José Miguel Sotelo Ulbeira, Agustin Alonso Otero, Sergio Fernández Durán, José Ramón Acuña Abalde, Lucía Costas González, Miguel Verea López de Guereñu, Josefa Rodríguez García Pérez Fernández