Son órganos reitores da Confraría: a Xunta Xeral, o Cabildo e o Patrón Maior.

A Xunta Xeral é o órgano superior de goberno e decisión da Confraría, na que están representados todos os profesionais do sector afiliados. Actúa como órgano de control e fiscalización dos restantes órganos reitores da Confraría.

O Cabildo é o órgano de goberno, xestión e administración da Confraría. Está formado polo Patrón Maior, o Secretario e os vogais, dos cales dous serán obrigatoriamente os vicepatrones 1º e 2º.

O Patrón Maior é o representante da Confraría. Preside a Xunta Xeral e o Cabildo. Será elixido pola Xunta Xeral de entre os seus membros.

As eleccións para a constitución ou renovación dos órganos da Confraría de Pescadores  "Virxe do Carme" de Pontedeume realízanse cada catro anos e réxense polo establecido no DECRETO 8/2014, do 16 de xaneiro, polo que se regulan as confrarías de pescadores de Galicia e as súas federacións, así como polos Estatutos da propia Confraría.

Nas últimas eleccións resultou elixida a seguinte directiva:

• Patrón/a Maior: Santiago Salgado Amado.
• VicePatrón/ a Maior 1º: Olaya Villar Vázquez.
• VicePatrón/a Maior 2º: Diego Perez Martinez.
• Secretario/a: Ana María Torrente Piñeiro.