Son órganos reitores da Confraría: a Xunta Xeral, o Cabildo e o Patrón Maior.
A Xunta Xeral é o órgano superior de goberno e decisión da Confraría, na que están representados todos os profesionais do sector afiliados. Actúa como órgano de control e fiscalización dos restantes órganos reitores da Confraría.
O Cabildo é o órgano de goberno, xestión e administración da Confraría. Está formado polo Patrón Maior, o Secretario e os vogais, dos cales dous serán obrigatoriamente os vicepatrones 1º e 2º.
O Patrón Maior é o representante da Confraría. Preside a Xunta Xeral e o Cabildo. Será elixido pola Xunta Xeral de entre os seus membros.
As eleccións para a constitución ou renovación dos órganos da Confraría de Pescadores "Pedra da Oliveira" de Vilaboa realízanse cada catro anos e réxense polo establecido no DECRETO 8/2014, do 16 de xaneiro, polo que se regulan as confrarías de pescadores de Galicia e as súas federacións, así como polos Estatutos da propia Confraría.
Nas últimas eleccións resultou elixida a seguinte directiva:
- Patrona Maior: María del Carmen Cortegoso Gomez
- Vice Patrón primeiro: Albino Rosendo Perez
- Vice Patrón segundo:Ramón Rubianes Rey
- Vogal: María Pilar Casal Portela
- Vogal: Rosa del Mar Costoya Calvar
- Vogal: Jesus González García
- Vogal: Santiago Novas Otero
- Vogal: Jesusa Lois Otero
- Vogal: Maria Luisa Lago Martínez
- Vogal: Jose Cordero Martínez
- Vogal: Jose Manuel Cortegoso Amoedo
- Vogal: Juan Carlos Pastoriza Portela
- Vogal: Carmen Pena Caeiro