Son órganos rectores de la Cofradía: la Junta General, el Cabildo y el Patrón Mayor.
La Junta General es el órgano superior de gobierno y decisión de la Cofradía, en la que están representados todos los profesionales del sector afiliados. Actúa como órgano de control y fiscalización de los restantes órganos rectores de la Cofradía.
El Cabildo es el órgano de gobierno, gestión y administración de la Cofradía. Está formado por el Patrón Mayor, el Secretario y los vocales, de los cuales dos serán obligatoriamente los vicepatrones 1º y 2º.
El Patrón Mayor es el representante de la Cofradía. Preside la Junta General y el Cabildo. Será elegido por la Junta General de entre sus miembros.
Las elecciones para la constitución o renovación de los órganos de la Cofradía de Pescadores de Vigo se realizan cada cuatro años y se rigen por lo establecido en el DECRETO 8/2014, de 16 de enero, por el que se regulan las cofradías de pescadores de Galicia y sus federaciones, así como por los Estatutos de la propia Cofradía.
Las últimas elecciones se realizaron en 2018, resultando elegida la siguiente directiva:
- Patrón Mayor: D. Iago Soto García
- Vicepatrón 1º: D. Roberto Fernández Fernández